Lufthansa
La colaboración de Croatia Airlines y Lufthansa posibilita a los pasajeros una serie de beneficios al
viajar.
Una conexión de calidad hacia Alemania hace posibles los vuelos de Zagreb, Split y Dubrovnik para Frankfurt, Düsseldorf y Munich, es decir de Zagreb para Berlín, Düsseldorf y Hamburgo a través de Munich. Cada día hay un total de doce vuelos de Croacia a Alemania, en colaboración con Lufthansa, tanto como para Croacia. Ello abre muchas posibilidades a los pasajeros, en especial a los pasajeros de negocios. El horario de vuelos está adaptado de tal manera para que los vuelos de mañana y de tarde desde Zagreb hagan posible el sintonizar casi todas las ondas en aeropuerto de Frankfurt y de Munich hacia los destinos en todo el mundo. Ya al presentarse al vuelo va a notar que puede realizar la facturación en espacio conjunto de Croatia Airlines y Lufthansa, y para todos los vuelos siguientes puede realizar la facturación en aeropuerto de salida. Armonizando las condiciones de transporte y las ofertas de varios servicios especiales, Croatia Airlines y Lufthansa anuncian vuelos conjuntos (code-share) bajo las marcas de ambos socios en todos los sistemas mundiales de reserva.
Air One
Croatia Airlines en colaboración con Air One conecta Zagreb, Split y Dubrovnik con Roma, y a través de ella con otras ciudades italianas.
Austrian Airlines
Croatia Airlines en colaboración con Austrian Airlines, conecta Zagreb, Split y Dubrovnik con Viena, y con Praga y las ciudades de Escandinavia.
BH Airlines 
En línea Zagreb-Sarajevo-Zagreb vuela Croatia Airlines, y BH Airlines tiene un número determinado de asientos comprados.
Brussels Airlines 
En colaboración con Brussels Airlines, Croatia Airlines conecta a Zagreb y Split con Bruseles.
SAS Scandinavian Airlines 
En colaboración con SAS Scandinavian Airlines, Croatia Airlines conecta a Zagreb, Copenhague y Estocolmo con vuelos directos tres veces por semana. Por una colaboración comercial, Croatia Airlines conecta a Zagreb y Split con Copenhague, Estocolmo, Oslo, Gotemburgo y Helsinki via otros ciudades europeos.
Swiss International Air Lines
En colaboración con Swiss International Air Lines, Croatia Airlines conecta a Zagreb y Zúrich dos veces al día.
TAP Portugal 
Croatia Airlines en colaboración con TAP Portugal cada día conecta Zagreb, Split y Dubrovnik con Lisboa a través de varias ciudades europeas.
Turkish Airlines 
El vuelo en la línea Estanbul-Zagreb-Estanbul lo realiza Turkish Airlines, mientras Croatia Airlines tiene derecho a un cierto número de asientos.